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【答案】A
【解析】病菌抗药性逐渐增强是长期自然选择的结果：在抗生素使用的过程中，少数细菌产生了抵抗抗生素的变异，不能被抗生素杀死而生存下来，并将这些特性遗传给下一代；因此，下一代就有更多的具有抗药性的个体，经过抗生素的长期选择，使得病菌具有了抗药性，A符合题意；
生物进化的趋势是：由简单到复杂、由低等到高等、由水生到陆生，B不符合题意；
人类共同的祖先是亚当和夏娃是神创论的观点，是伪科学的；达尔文在《人类的起源与性的选择》一书中，列举许多证据说明人类是由已经灭绝的古猿演化而来的，C不符合题意；
长颈鹿的脖子变长是自然选择的结果，不是努力伸长颈子去吃树上叶片的结果，拉马克用进废退的观点是错误的，因为经常使用的器官虽然发达，但由于遗传物质并没有发生变化，并不能一代代的遗传下去，D不符合题意。
