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有一个叫尼尔斯的小男孩，他非常淘气、顽皮。他经常欺负小动物，一次机缘巧合，他遇见了并得罪了小狐仙，小狐仙一怒之下把尼尔斯变成了一个只有拇指大小的小人。
尼尔斯虽然变成了小人，但样子却没有变，只不过身体和衣服变小了。正因为如此，他被他曾经欺负过的小动物们嘲笑、欺负，说他活该。
尼尔斯千方百计寻找小狐仙，但没找到。他气馁地坐在围栏上，正好见到自己家的雄鹅想跟随迁徙的大雁们逃跑，他心想：如果辛苦养大的雄鹅就这样跑了，父母的损失就大了。于是便想阻止雄鹅逃跑，结果却揪着雄鹅的后背，跟雄鹅一起飞上了天。
就这样，他和雄鹅、大雁们一起踏上了旅程。一开始大雁们并不待见雄鹅和尼尔斯，但因为一次意外，尼尔斯救下了领群的大雁阿卡、松鼠一家、黑老鼠后，大雁们对尼尔斯刮目相看，就接纳了尼尔斯。之后的一次历险中，一只长相漂亮的小灰雁也加入了雁群，和尼尔斯他们一起历险。尼尔斯还帮助了山羊们，这样尼尔斯更加受到了动物们的喜爱了。还有一次历险是狡猾的狐狸利用乌鸦把尼尔斯绑架了，不过最后被尼尔斯想办法逃了出来。逃出来后，尼尔斯碰巧又被雄鹅带回了雁群。之后，尼尔斯又经历了几次历险，但都被他化解了，从中他还学到了有趣的地理知识。
最后，他回到了自己的家中，改正了以往的缺点，变成了一个勇敢机智的人。身在家中的他依然期待和雁群、雄鹅一起进行下一次的历险。 | 
