meili 发表于 2022-10-27 11:02:45

得到对人类单细胞测序的fastq文件如何计算其coverage,和平均depth

<p>问题:得到对人类单细胞测序的fastq文件如何计算其coverage,和平均depth
<p>答案:↓↓↓<p class="nav-title mt10" style="border-top:1px solid #ccc;padding-top: 10px;">李天杰的回答:<div class="content-b">网友采纳  第一步需要先将原始数据(fastq)比对到参考人类基因组上,定位每条测序序列的位置,然后统计所有测序序列覆盖在参考基因组上的长度,此长度除以全基因组长度即为coverage.测序得到的所有碱基个数,除以参考基因组长度,即为平均depth.
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